No Stoqui você tem a opção de deixar sua loja habilitada (visível para os clientes) ou não. Para isso vá até o menu Geral > Configurar Loja e habilite/desabilite a opção Ativar Loja.
No lugar da sua loja aparecerá uma mensagem que a loja foi temporariamente desativada, mas que em breve estará de volta.