Caso precise adicionar alguma taxa percentual ao pedido, basta seguir esses passos:
Crie um produto para ser sua taxa percentual genérica, dê a ele um valor qualquer (ex: R$ 1,00), marque-o como oculto (para não aparecer em sua loja) e salve.
Tanto na criação do pedido manual, quanto na edição do pedido online, adicione esse produto oculto e edite seu valor (clicando no ícone de "lápis") calculando o percentual desejado. No exemplo abaixo foi calculado um percentual de 15%.
Finalize o pedido colocando essa informação no campo Observação se desejar.